Helixio propose des services en épigénétique
L’étude des mécanismes épigénétiques permet de mieux comprendre les processus de régulation de l’expression des gènes, notamment à travers l’analyse de la méthylation de l’ADN, des modifications post-traductionnelles des histones ou encore de l’accessibilité de la chromatine.
Ces approches permettent de réaliser une grande variété d’analyses, telles que l’identification de régions différentiellement méthylées, la caractérisation des profils de régulation épigénétique ou encore la prédiction de motifs associés à des éléments régulateurs.
Pour obtenir une vision intégrée des mécanismes de régulation cellulaire, les analyses épigénétiques peuvent être combinées à un RNA-Seq. Cette approche permet de mettre en relation les modifications épigénétiques observées avec leurs conséquences fonctionnelles sur l’expression des gènes.
- Methyl-seq (Methylation sequencing)
Analysez les marques de méthylation de l’ADN
Le Methyl-seq permet d’explorer le méthylome en identifiant les régions de l’ADN portant des marques de méthylation à l’échelle du génome ou sur des zones d’intérêt spécifiques. Parmi elles, la méthylation des cytosines (5mC) localisées dans des sites CpG ou des îlots CpG proches des régions promotrices de la transcription.
Une modification du niveau de méthylation peut influencer l’expression des gènes en interférant sur la liaison du facteur de transcription ou en modifiant la structure de la chromatine. La comparaison des profils de plusieurs échantillons permet de mettre en évidence les régions différentiellement méthylées (DMR).
- ChIP-seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)
Cartographiez les interactions entre l'ADN et les protéines régulatrices
Le ChIP-Seq permet d'identifier, à l'échelle du génome, les sites de liaison entre l'ADN et des protéines d'intérêt, telles que les facteurs de transcription, les cofacteurs ou les protéines associées à la chromatine.
Cette approche permet de localiser les régions génomiques impliquées dans la régulation transcriptionnelle, de caractériser les modifications des histones et d'identifier les éléments régulateurs associés à différents états transcriptionnels. Le ChIP-Seq offre ainsi une vision globale de l'organisation fonctionnelle de la chromatine et des mécanismes contrôlant l'expression des gènes.
- CUT & RUN - CUT & Tag
Décryptez les interactions ADN–protéines avec une précision accrue
Les approches CUT&RUN (Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease) et CUT&Tag (Cleavage Under Targets and Tagmentation) permettent de cartographier avec une grande précision les interactions entre l’ADN et les protéines de la chromatine. Après le ciblage d’une protéine d’intérêt par immunoprécipitation, ces techniques permettent d’étudier les modifications des histones, les facteurs de transcription ainsi que les cofacteurs impliqués dans la régulation transcriptionnelle.
Elles offrent une alternative aux approches ChIP-seq classiques en nécessitant moins de matériel biologique et en limitant les étapes de préparation, notamment l’absence de réticulation et la réduction des étapes de fragmentation de la chromatine.
- ATAC-Seq (Assay for transposase accessible chromatin)
Cartographiez les régions ouvertes et actives du génome
L'ATAC-Seq identifie les régions de chromatine accessibles aux complexes de régulation transcriptionnelle. Cette approche permet de cartographier les promoteurs, les enhancers, la position des nucléosomes et les sites potentiels de fixation des facteurs de transcription dans différents types cellulaires. Elle constitue aujourd'hui une méthode de référence pour étudier la dynamique de la chromatine et les mécanismes de régulation épigénétique au cours des processus biologiques.
Pour l'analyse des données, notamment l'identification de signatures épigénétiques, la prédiction de motifs, ainsi que la détection et l'annotation des pics d'enrichissement (peak calling), visitez notre page bioinformatique !