Helixio, prestataire de services en bioinformatique
Les données génomiques issues de technologies haut débit nécessitent un savoir-faire et des compétences en bioinformatique et analyse de données pour en extraire des informations significatives.
Helixio est un prestataire en génomique et bioinformatique : notre équipe expérimentée vous aidera à interpréter de manière efficace et didactique vos données génomiques.
Toutes les données générées au cours de votre projet sont fournies : données de contrôles qualités, séquences brutes et normalisées, fichiers d’alignement et rapport d'analyse détaillé. Les données sont stockées de 2 à 6 mois selon les technologies employées.
Un chef de projet, affecté à votre étude, est disponible pour échanger à chaque étape de l’analyse, y compris après la remise du rapport final.
Nous utilisons des outils bioinformatiques open-source, des applications commerciales et développons nos pipelines internes : nous utilisons la stratégie la plus adaptée à vos données et à vos besoins.
Analyse de données NGS
Différentes étapes sont nécessaires pour extraire les informations pertinentes.
L’analyse primaire inclut le contrôle qualité, le trimming des séquences et la suppression des adaptateurs. Après l’alignement sur le génome de référence, il est possible d’identifier les variations et les réarrangements du génome. Pour les organismes ne disposant pas d’une référence connue et publiée, un assemblage de novo est approprié.
Les reads issus de données RNA-seq permettent notamment la quantification de l’expression des gènes et la mise en évidence des transcrits différentiellement exprimés en fonction d’un paramètre d’étude.
Les étapes listées ci-dessus font partie des workflows standards appliqués à nos services NGS.
Workflow standard pour une étude DNA-seq
Workflow standard pour une étude RNA-seq
Workflow standard pour une analyse du microbiote
Analyse sur-mesure
Helixio propose des solutions standard et personnalisées. Notre équipe peut adapter ses workflows à vos besoins et développer des pipelines spécifiques à votre projet, qui répondent à vos exigences et à vos données. Que ces dernières soient générées ou non par Helixio, nous vous aiderons à les interpréter de la manière la plus pertinente.
- Exemple d’analyses spécifiques :
Assemblage de novo et annotation fonctionnelle d’un organisme eucaryote mal caractérisé dans les bases de données publiques
Lorsqu'un organisme est rare ou peu documenté dans les bases de données, son identification et sa caractérisation nécessitent une stratégie bioinformatique adaptée. Dans ce contexte, une approche combinant métagénomique shotgun et métatranscriptomique permet de reconstruire et d'annoter le génome et le transcriptome d'un organisme inconnu.
Dans un cas spécifique d’un organisme eucaryote non identifié, Helixio a ainsi développé un pipeine bioinformatique innovant :
- Une première phase d'analyse des données de métagénomique shotgun a permis d'identifier les espèces les plus proches de l'organisme inconnu, puis de réaliser un premier assemblage de novo malgré un jeu de données limité.
- Par la suite, la reconstruction du transcriptome à partir des données de métatranscriptomique a permis d'améliorer la qualité de l'assemblage en s'appuyant sur les familles de gènes d'intérêt identifiées précédemment, ainsi qu'à partir de nos propres bases de données combinées.
Ainsi, cette stratégie a permis l'identification précise de l'espèce, ainsi qu'une annotation fonctionnelle permettant de prédire les fonctions biologiques a pu être réalisée.
Et vous, vous travaillez sur des échantillons complexes ou des organismes peu caractérisés ? Vous avez des problématiques complexes?
Alors, n’hésitez pas à nous contacter !